Ateliers et tables rondes > Liste des ateliers et tables rondes

Dans le cadre des 10èmes journées scientifiques du RFMF, des ateliers thématiques satellites seront organisés le Lundi 30 Mai toute la journée. 

Pour participer aux ateliers il faut vous inscrire ici (attention places limitées) et que vous soyez inscrits aux 10 JS du RFMF

 

Atelier 1 :  13C Fluxomique : du design expérimental à l’obtention d’une carte de flux

Personnes encadrant la formation / animant la table ronde:

Floriant BELLVERT Correspondant de l’atelier (bellvert@insa-toulouse.fr), Jean-Charles PORTAIS (portais@insa-toulouse.fr), Edern CAHOREAU (cahoreau@insa-toulouse.fr), Lindsay PEYRIGA (peyriga@insa-toulouse.fr).  

Public envisagé et les prérequis :

Etudiants, Ingénieurs et chercheurs avec des notions de métabolomique et de spectrométrie de masse

Objectif de la formation :

L'objectif est d'acquérir une connaissance de théorique sur l’ensemble du workflow de l’approche 13C Fluxomique.

Compétences acquises à la sortie de la formation :

- Une connaissance générale des besoins expérimentaux pour une analyse en fluxomique au niveau expérimental, analytique (analyse des isotopologues par MS et RMN) ainsi qu’au niveau du traitement des données spécifique au flux.

- Une compréhension générale du potentiel et des limites de la fluxomique pour l’étude du métabolisme

Durée de la formation : 2 heures.

Date et lieu : Lundi 30 mai à 16h (la salle sera précisée ultérieurement)

Nb de places max : 30 personnes max.

Telecharger le PDF de l'atelier 1 ici

 

Atelier 2 : Identification des métabolites par spectrométrie de masse : retours sur CASMI 2016

Personnes encadrant la formation / animant la table ronde:

Grégory GENTA-JOUVE Correspondant de l’atelier (gregory.genta-jouve@parisdescartes.fr), Samuel BERTRAND (samuel.bertrand@univ-nantes.fr).   

Public envisagé et les prérequis :

Etudiants, Ingénieurs et chercheurs avec des connaissances en spectrométrie de masse et bioinformatique (R, python ou matlab).

Objectif de la formation :

L'objectif est de revenir sur les résultats du CASMI 2016 et de présenter les méthodes et outils utilisés pour l'élucidation des structures proposées cette année.

Compétences acquises à la sortie de la formation :

Une compréhension générale de l'utilisation:

(1) d'un langage de programmation pour le traitement des données LC-MS;

(2) des outils existants pour l'élucidation structurale assistée par ordinateur.

Durée de la formation : 2 heures.

Date et lieu : Lundi 30 mai à 10h30 (la salle sera précisée ultérieurement)

Nb de places max : 15 personnes max.

 

Atelier 3 : Méthodes d'intégration multi-omiques

Personnes encadrant la formation / animant la table ronde:

Jean-Charles MARTIN Correspondant de l’atelier (jean-charles.martin@univ-amu.fr).

Public envisagé et les prérequis :

Atelier avant tout destiné aux biologistes ou toute personne souhaitant interprêter des données métabolomiques, omiques et/ou biologiques (thésard, chercheurs) avec des connaissances en biologie/biochimie.

Objectif de la formation :

-  Organisation : séminaire sur les concepts d’organisation du vivant, illustré en deuxième partie par une application pratique avec démonstration des outils informatiques.

- Général : Donner des bases pour organiser les données en vue de leur traitement statistique et de l’interprétation biologique. Condenser l’information et la restituer sous forme de nouvelles connaissances.

- Spécifique : Utilisation des modèles multiblocks (multiéchelle) pour modéliser et analyse des réseaux de corrélations. Agréger des données hétérogènes générées à partir de plateformes différentes (multiomique, physiologie, phénotypes). Comprendre comment hiérarchiser l’importance des fonctions biologiques dans le déterminisme des phénotypes. Calculer des équations prédictives à l’aide de SIMCA.

Compétences acquises à la sortie de la formation :

Comprendre comment organiser les données en vue de leur interprêtation ;

Comprendre la notion de modules biologiques ;

Connaitre certains outils informatiques de traitement de l’information.

Durée de la formation : 2 heures.

Date et lieu : Lundi 30 mai à 9h30 (la salle sera précisée ultérieurement)

Nb de places max : 30 personnes max.

 

Atelier 4 : Présentation interactive pour le traitement d’une série de RMN 1D 1H à l’aide d'une boîte à outil en ligne sur le WEB.

Personnes encadrant la formation :

Daniel JACOB Correspondant de l’atelier (djacob@bordeaux.inra.fr), Catherine DEBORDE (cdeborde@bordeaux.inra.fr).

Public envisagé et les prérequis :

Novice ou initié en traitement de spectres RMN 1D 1H avec des connaissance du principe de la métabolomique par RMN.

Objectif de la formation :

Initiation au traitement de données de métabolomique obtenues par RMN, et ce à l’aide d’outils accessibles en ligne (internet). L’atelier sera concentré principalement sur les étapes de traitements de série de spectres à l’aide de l’outil NMRProcFlow. Les étapes de traitements statistiques des données issues des étapes de traitement seront abordées rapidement à l’aide de l’outil en ligne BioStatFlow. L’atelier s’organisera autour d’une présentation interactive (questions/réponses) et de discussions.

Compétences acquises à la sortie de la formation :

Bonne compréhension des étapes de traitements de série de spectres à l’aide d'une boîte à outil en ligne pour une mise en autonomie rapide dans l’utilisation de ces outils :

- à l’aide de l’outil en ligne NMRProcFlow

- à l’aide de l’outil en ligne BioStatFlow :

  • Calibration de l’échelle des PPM (cas avec le plasma par exemple)
  • Correction de la ligne de base globalement et localement
  • Réalignements locaux de pics,
  • Elimination post-acquisition du signal solvant,
  • Binning simple ou uniforme, Binning de taille variable et Binning dit « intelligent »,
  • Traitement statistique simple (ACP, …)

Durée de la formation : 2 heures.

Date et lieu : Lundi 30 mai à 14h (la salle sera précisée ultérieurement)

Nb de places max : 25 personnes max.

 

Atelier 5 : Initiation à la lipidomique ciblée ou globale : intérêts et limites

Personnes encadrant la formation / animant la table ronde:

Justine BERTRAND-MICHEL (justine.bertrand-michel@inserm.fr) Correspondant de l’atelier, Benoit COLSH (benoit.colsch@cea.fr),  Pauline LE FAOUDER (pauline.le-faouder@inserm.fr).

Public envisagé et les prérequis :

Etudiants, Ingénieurs et chercheurs avec des notions de métabolomique et de spectrométrie de masse

Objectif de la formation :

L'objectif est d'initier le public aux généralités de l'analyse lipidomique, de comprendre l'intérêt et les limites de la lipidomique globale vs ciblée, et être capable d'initier un plan d'expérience dans le domaine. L’objectif final sera d’éditer des recommandations pour l'analyse lipidomique

Compétences acquises à la sortie de la formation :

Acquérir les bases de l'analyse lipidomique.

Durée de la formation : 3 heures.

Intro : généralité sur l'analyse lipidomique

Table ronde autour de l'analyse globale en lipidomique

Table ronde autour de l'analyse ciblée en lipidomique

Conclusion : rédaction des recommandations pour l'analyse lipidomique

Date et lieu : Lundi 30 mai à 14h (la salle sera précisée ultérieurement)

Nb de places max : 30 personnes max en salle

 

Atelier Junior : Interventions et discussions autour des problématiques propres aux juniors dans les domaines de la métabolomique et de la fluxomique

Personnes encadrant la formation / animant la table ronde:

Maximilien GONCALVES-MARTINS Correspondant de l’atelier (maximilien.goncalves-martins@univ-lyon1.fr),  Sandrine AROS-CALT (saros.calt@gmail.com).

Public envisagé et les prérequis :

Juniors (Doctorant, post-doc, ingénieur, M2, -33 ans). Aucun prérequis

Objectif de la formation :

Echanger sur les difficultés rencontrées par les juniors dans les domaines de la métabolomique et de la fluxomique. Faire intervenir des acteurs confirmés du domaine pour aborder ces sujets :

- Intégration professionnelle (employabilité, réseau professionnel, bourses, plateformes nationales,...)

- Construction de projets (réussir sa thèse, publication en métabolomique, …).

Compétences acquises à la sortie de la formation :

- Avoir des éléments d’informations pour optimiser la construction de son réseau professionnel et de son projet scientifique en métabolomique et fluxomique.

- Avoir une vision plus élargie des questions et problèmes rencontrés par les juniors.

Durée de la formation : 1,5 heures.

Date et lieu : Mercredi 1ier Juin à 14h (la salle sera précisée ultérieurement)

Nb de places max : Limitation en fonction des places dans l’amphi.  
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